CASEA的奇思妙想

Gromacs安装教程

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Centos 7 安装Gromacs2019

Centos 7 安装GMX

  1. C和C++编译升级 gcc gromacs不同版本需要的C和C++版本不一样 以2019版为例 
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    sudo yum install centos-release-scl
    sudo yum install devtoolset-8-gcc*
    scl enable devtoolset-8 bash (切换到8.3.1版本gcc)
  2. Centos7升级cmake 
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    yum remove cmake -y && rm -f /usr/bin/cmake
    tar xvf cmake-3.14.2.tar.gz # 自行下载安装包
    cd cmake-3.14.2
    #安装
    ./bootstrap
    gmake
    gmake install
    # 软连接
    ln -s /usr/local/bin/cmake  /usr/bin/ #可略
    cmake --version
  3. 安装gromacs 首先下载gromacs压缩包 
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    tar xfz gromacs-xxx.tar.gz
    cd gromacs2019
    mkdir build
    cd build
    cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
    make 
    make check
    sudo make install
    source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
  4. 安装acpype 
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    wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   # 下载miniconda
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    source .bashrc
    conda install -c conda-forge acpype # 安装acpype
    配置目标文件
    cd ~
    vi .bashrc
    export PATH=$PATH:/home/casea/miniconda3/bin  # 添加语句
    source .bashrc
  5. 安装xmgrace 
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    yum install epel-release
    yum install grace