Gmxhelper插件适用于gromacs进行分子动力学模拟时的文件。
用于高亮语法和自动提示代码。
一年前开始学code插件开发,磨磨蹭蹭了一年,终于把用于gmx文件的vscode插件框架搭了起来,其使用方法和功能介绍见下文。
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安装
在vscode插件市场搜索gmxhelper即可找到此款插件。
功能介绍
1. 调用方式 在打开特定扩展名的文件时,插件会自动调用。 目前支持的文件包括:
- .pdb
- .gro
- .mdp
- .itp
- .top
- .xvg
- .ndx
2. 语法高亮 语法高亮的主题色为暗蓝色。 对于不同的氨基酸,为其设置了不同的颜色。 原子类型和原子名均拥有其特定的颜色设定。 注释采用暗绿色设定。 对于配体,非标准残基设定亮绿色为其高亮色。 具体设定详见效果图。
top文件中的参数段设定指定颜色。
mdp文件中,对于常用的参数设定了语法高亮,一些不常用参数和错误参数采用白色显示,用于提示。
3. mdp文件自动提示
对于一些常见的参数,只需要输入parameter=
即可自动跳出可选value。
如果不想自己编写mdp文件,程序还设置了一些常用的mdp模板,只需稍加修改即可使用
4. mdp模板
如下图所示,只需要键入特定关键词回车即可生成mdp模板。通过修改步长等参数即可使用。
命令 | 适用范围 |
---|---|
protein in water | gmx官方mdp模板 |
protein-em | 蛋白体系能量最小化 |
protein-md | 蛋白体系分子动力学 |
protein-pr | 蛋白体系限制性分子动力学 |
protein-lig-em | 蛋白-配体体系能量最小化 |
protein-lig-md | 蛋白-配体体系分子动力学 |
protein-lig-pr | 蛋白-配体体系限制性分子动力学 |
membrane | 膜体系平衡 |
membrane-md | 膜体系分子动力学 |
DNA-em | DNA体系能量最小化 |
DNA-md | DNA体系分子动力学 |
DNA-pr | DNA体系限制性分子动力学 |
md_heat_NPT | NPT系综加热到指定温度 |
md_NPT | NPT系综分子动力学模拟 |
md_nopbc | 非周期性模拟 |