使用SMILES字符串绘制化学式结构

SMILES string

简介

SMILES：Simplified molecular-input line-enty system SMILES 使用简短的ASCII 字符串描述化学结构式。 SMILES 字符串能够被分子编辑器转换为二维或三维的可视化分子结构

书写规则

Atoms and Bonds

SMILES支持元素周期表中的所有元素。原子必须使用各自的原子符号表示。大写字母表示非芳香原子；小写字母表示芳香原子；如果原子拥有多个字母，则第二个字母必须小写。

Bonds书写规则：

- 单键
= 双键
# 三键
$ 四键
* 芳香键
. 断开的结构

单键是默认的，因此不需要输入。举个例子：CC表示两个非芳香碳原子通过单键相连。计算机会将其识别为乙烷。

单链

可以通过结合原子符号和键符号可以表示简单的链结构。

使用SMILES语法输入结构必须忽略氢。

SMILES自动识别原子可能的成键数。如果用户没能提供足够的成键信息，系统将自动假定其他连接为氢键。

Samples
CC	CH₃CH₃	Ethane
C=C	CH₂CH₂	Ethene
CBr	CH₃Br	Bromomethane
C#N	C三N	Hydrocyanic acid
Na.Cl	NaCl	Sodium chloride

用户可以指定系统识别氢键。如果在字符串中指定了氢键。SMILES解释器回家顶用户已经确定了分子的所有氢原子。 HC(H)=C(H)(H) Ethene

SMILES允许输入元素周期表中的所有的元素，并自动加氢，用户应当珠子带有两个字母的化学物，因为其可能会被计算机误解。举个例子：Sc可以编译为硫与芳香碳通过单键相连，也可被编译为钪元素。SMILES 解释器优先解释连接硫原子和芳香碳的单键。要识别钪，用户应输入 [Sc]。

分支

通过括号可以表示分支。括号中的字符串直接放在它所连接的原子的符号之后。如果它通过双键或三键连接，则键符号紧跟左括号。

Samples
CC(O)C	2-Propanol
CC(=O)C	2-Propanone
CC(CC)C	2-Methylbutane
CC(C)CC(=O)	2-Methylbutanal
c1c(N(=O)=O)cccc1	Nitrobenzene
CC(C)(C)CC	2,2-Dimethylbutane

环

SMILES允许用户使用数字定位开闭环原子来指定环结构。举个例子，环己烷C1CCCCC1，第一个碳原子数字标记1，它通过单键与最后一个碳(数字标记也为1)相连。可以对每个环使用不同数字来识别具有多个环的化学物。如果闭合环原子使用双键、单键或者芳香键相连，则键符号放置在闭合环编号之前。如果需要两位数环号，则数字标记前面必须要有%。 C=1CCCCC1 Cyclohexene c1cc2ccccc2cc1 Naphthalene

带电原子

识别带电原子的格式由原子后跟{ }组成，{ }括号内为原子上的电荷。可以明确说明电荷数量{-1}或不明确说明{-}

1
2
3

CCC(=O)O{-1}	Ionized form of propanoic acid
CCC(=O)O{-}	
c1ccccn{+1}1CC(=O)O	1-Carboxylmethyl pyridinium

立体选择性

双键周围的立体选择性由\和/定义。键方向符号总是以两个为一组。

举个例子： F/C=C/F表示反式-1,2-二氟乙烯一种可能，氟位于双键两侧 F/C=C\F表示顺式-1,2-二氟乙烯一种可能，氟位于双键一侧

四面体碳构型由@或@@指定

CASEA的奇思妙想

Smiles String

SMILES string

简介

书写规则

Atoms and Bonds

单链

分支

环

带电原子

立体选择性