Amber Mask

Amber中原子或残基的选择语法简介

AMBER有三种方式选择原子或残基

Amber mask notation
NAB atom expression
GROUP (older)

Amber Masks

: 选择残基，残基可以使用残基序号、名选择
@ 选择原子，原子可以使用原子序号、名、类型(@%)选择

:1-10       ！残基1-10
:1,3,5      ! 残基1 3 5
:1-3,5,7-9  ! 残基1-3 5 7-9
:LYS        ! 所有LYS残基
:ARG,ALA,GLY ! 所有ARG、ALA、GLY残基

@12,17         ! 原子12和17
@54-85         ! 原子54-85
@12,54-85,90   ！原子12，54-85，90
@CA            ! 所有原子名为CA的原子
@CA,C,O,N,H    ！所有原子名CA、C、O、N、H的原子
@%CT           ！所有原子类型为CT的原子
@%N*,N3        ！所有原子类型为N*和N3的原子

ambmask

ambmask通过输入topol、restart文件，使用maskstr选择语法进行过滤，从而达到选择指定原子或残基的作用。残基可以通过编号或者名称选择。原子可以通过编号、名字、或者amber原子类型选择。选择的原子将会以amber pdb格式输出到stdout。原子或残基名称类型遵循amber拓扑中的定义。 <@范围内原子，<:范围内残基

1	ambmask -p prmtop -c inpcrd -prnlev [0-3] -out [short\|pdbj\|amber] -find [maskstr]

# maskstr
:{residue numlist} [:1-10] [:1,3,5] [:1-3,5,7-9]
:{residue namelist} [:LYS] [:ARG,ALA,GLY]
@{atom numlist} [@12,17] [@54-85] [@12,54-85,90]
@{atom namelist} [@CA] [@CA,C,O,N,H]
@%{atom typelist} [@%CT] [@%N*,N3]
[:AS=]匹配ASP和ASH
[@H=]匹配所有以H开头的原子
[@C= & !@CA,C]匹配非a碳和羰基碳
[(:1-3@CA | :5-7@CB)]残基1-3中的a碳和残基5-7中的b碳
[:CYS,ARG & !(:1-10 | @CA,CB)] 残基CYS和ARG，并且不包含残基1-10 和CA、CB
[:* & !@H=] or [!@H=] 所有重原子
[:5<@4.5]残基5 4.5A之内的所有原子
[(:1-55 <:3.0) & :WAT] 残基1-55 3A范围内的所有水分子
:{residue numlist|namelist}@{atom numlist|namelist|typelist}
[:1-10@CA] === [:1-10 & @CA]
[:LYS@H=] === [:LYS & @H=]

NAB "Atom Expressions"

NAB使用简单的选择规则；

chains(or "strands"):residues:atoms
# Example
A:GLU:CA   选择链A上GLU氨基酸的所有α碳
::H*       选择体系内所有氢
::*C*      选择含有C的原子
::H?       选择H开头的原子
:1-3,ALA:C*  选择残基1-3和ALA上的所有C原子

GROUP

# input example
Input 1:
Title one
RES 1 5 
END
Title two
RES 6
END
END
Output 1: Group 1 包含残基1和5，Group 2 包含残基6
------------------------------------------------------------
Input 2:
Title one
FIND 
O2 OS M CRA
SEARCH 
RES 1 6
END
FIND
O2 OS * *
SEARCH
RES 1 6
END
END
Output 1: Group 1 will contain those atoms with the atom name ’O2’, atom type ’OS’, tree name ’M’ and residue
name ’CRA’.Group 2 will contain those atoms with the atom name ’O2’, atom type ’OS’, any tree name and any
residue name.