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RosettaScripts-Movers

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RosettaScripts-Movers

Movers

每个Mover定义都有以下的结构

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<mover_name name="&string"/>

mover_name为Rosetta内置的预定义movers。name为该mover的唯一标识符，同时需要定义mover中任意数量的参数。值得注意的是：内置的部分mover是重复的。

Predefined Movers

预定义Movers在解析器内部被定义，protocol可以无需定义而直接使用。

NullMover

空Mover，如果不在<PROTOCOLS>指定mover_name，将会默认使用。

当然了，也可显式指定，即null

Meta Movers

Meta Movers 并不会改变pose本身，但是能够结合或者修改其他movers或filters的应用。

RunSimpleMetrics(?)

运行一组SimpleMetrics并将数据添加到pose，以便输出到scorefile/scoretable。 推荐使用JSON格式储存scorefile，便于后续分析(-scorefile_format json)

每个simplemetrics也有一个custom_type选项，它可以用于在RunSimpleMetrics期间运行单一类型的simplemetrics的多个配置。任何set前缀、后缀和custom_type选项都被添加到分数文件中的data标记中。

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<RunSimpleMetrics name="(&string;)" metrics="(&string;)" prefix="(&string;)"
        suffix="(&string;)" override="(false &bool;)" >
    <Simple Metric Tag ... />
</RunSimpleMetrics>
  • metrics：之前定义的需要添加的simple_metrics列表，以逗号分隔
  • prefix：:要添加到这些指标的输出分数文件中的值的前缀标记。(prefix + custom_type + _ + metric_name +后缀)
  • suffix：要添加到这些指标的输出分数文件中的值的后缀标记。(prefix + custom_type + _ + metric_name +后缀)
  • override：是否覆盖现有数据
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<ROSETTASCRIPTS>
	<SCOREFXNS>
	</SCOREFXNS>
	<RESIDUE_SELECTORS>
		<CDR name="L1" cdrs="L1"/>
	</RESIDUE_SELECTORS>
	<MOVE_MAP_FACTORIES>
		<MoveMapFactory name="movemap_L1" bb="0" chi="0">
			<Backbone residue_selector="L1" />
			<Chi residue_selector="L1" />
		</MoveMapFactory>
	</MOVE_MAP_FACTORIES>
	<SIMPLE_METRICS>
		<TimingProfileMetric name="timing" />
		<RMSDMetric name="rmsd" rmsd_type="rmsd_protein_bb_heavy" residue_selector="L1" use_native="1"/>
		<SasaMetric name="sasa" residue_selector="L1"/>
		<DihedralDistanceMetric name="dihedral" residue_selector="L1" use_native="1"/>
		<SelectedResiduesMetric name="selection" residue_selector="L1"/>
		<SelectedResiduesMetric name="rosetta_sele" residue_selector="L1" rosetta_numbering="1"/>
		<SelectedResiduesPyMOLMetric name="pymol_selection" residue_selector="L1" />
		<SequenceMetric name="sequence" residue_selector="L1" />
		<SecondaryStructureMetric name="ss" residue_selector="L1" />
		<TotalEnergyMetric name="total_energy" residue_selector="L1" />
		<CompositeEnergyMetric name="composite_energy" residue_selector="L1" use_native="1"/>
	</SIMPLE_METRICS>
	<MOVERS>
		<MinMover name="min_mover" movemap_factory="movemap_L1" tolerance=".1" /> 
		<RunSimpleMetrics name="run_metrics1" metrics="sasa,pymol_selection,sequence,ss,total_energy,rosetta_sele" prefix="m1_" />
		<RunSimpleMetrics name="run_metrics2" metrics="sasa,selection,pymol_selection,sequence,ss,total_energy,rmsd,dihedral,composite_energy" prefix="m2_" />
	</MOVERS>
	<PROTOCOLS>
		<Add mover_name="run_metrics1"/>
		<Add mover_name="min_mover" />
		<Add mover_name="run_metrics2" />
	</PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

Combining Movers

Movers (RosettaScripts) (rosettacommons.org)