CASEA的奇思妙想

MM/PBSA & MM/GBSA

发表于 2022-07-15 分类于 Molecular Dynamics
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关于MM/PBSA原理的简单介绍

发表于 2022-04-17 分类于 Molecular Dynamics
本文字数： 35k 阅读时长 ≈ 32 分钟

基于AMBER MMPBSA.py用于计算终态自由能(gmx格式文件)的工具

发表于 2022-04-17 分类于蛋白设计
本文字数： 4.3k 阅读时长 ≈ 4 分钟

UniDesign是基于命令行的蛋白结构建模和蛋白设计程序。

发表于 2022-03-03 分类于 Molecular Dynamics
本文字数： 4k 阅读时长 ≈ 4 分钟

Amber 使用cpptraj 分析轨迹之topol信息处理

发表于 2022-03-03 分类于 Molecular Dynamics
本文字数： 3.5k 阅读时长 ≈ 3 分钟

Amber 使用cpptraj 分析轨迹之读写轨迹文件

发表于 2022-03-02 分类于 Molecular Dynamics
本文字数： 3.2k 阅读时长 ≈ 3 分钟

分子动力学模拟之Packmol初始体系建立

发表于 2022-03-01 分类于 Molecular Dynamics
本文字数： 7.2k 阅读时长 ≈ 7 分钟

Amber 使用cpptraj 分析轨迹之系统轨迹处理: 旋转、放缩、居中、检查手性等

发表于 2022-03-01 更新于 2022-03-02 分类于 Molecular Dynamics
本文字数： 7.2k 阅读时长 ≈ 7 分钟

Amber 使用cpptraj 分析轨迹之密度、能量、扩散系数、回转半径等计算

发表于 2022-03-01 分类于 Molecular Dynamics
本文字数： 2.3k 阅读时长 ≈ 2 分钟

Amber 使用cpptraj 分析轨迹之HBond氢键计算

发表于 2022-03-01 更新于 2022-08-12 分类于 Molecular Dynamics
本文字数： 1.3k 阅读时长 ≈ 1 分钟

Amber 使用cpptraj 分析轨迹之距离、角度、二面角计算