Gromacs安装教程

Centos 7 安装Gromacs2019

Centos 7 安装GMX

1. C和C++编译升级 gcc
   gromacs不同版本需要的C和C++版本不一样
   以2019版为例

sudo yum install centos-release-scl
sudo yum install devtoolset-8-gcc*
scl enable devtoolset-8 bash (切换到8.3.1版本gcc)

2. Centos7升级cmake

yum remove cmake -y && rm -f /usr/bin/cmake
tar xvf cmake-3.14.2.tar.gz # 自行下载安装包
cd cmake-3.14.2
#安装
./bootstrap
gmake
gmake install
# 软连接
ln -s /usr/local/bin/cmake  /usr/bin/ #可略
cmake --version

3. 安装gromacs
   首先下载gromacs压缩包

tar xfz gromacs-xxx.tar.gz
cd gromacs2019
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make 
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

4. 安装acpype

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   # 下载miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source .bashrc
conda install -c conda-forge acpype # 安装acpype
配置目标文件
cd ~
vi .bashrc
export PATH=$PATH:/home/casea/miniconda3/bin  # 添加语句
source .bashrc

5. 安装xmgrace

yum install epel-release
yum install grace