CASEA的奇思妙想

gmx mdp

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Gromacs 运行md模拟所需输入文件mdp解释

Gromacs 输入文件mdp解释

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# Preprocessing
define = -DFLEXIBLE  # 使用flexible水代替刚性水
         -DPOSRES    # 将posre.itp包含在topol文件中，用于实施位置限制

# Run control
integrator  =  md    # 蛙跳算法用于积分牛顿运动方程
               steep  # 最速下降法，能量最小化
               cg     # 共轭梯度法，能量最小化

tinit =  0    # ps 运行开始时间 只对时间有关积分起作用
dt  = 0.001   # 积分时间步长 ps   
nsteps = 0    # 运行最大步长 -1不指定最大步数
comm-mode = Linear      # 去除质心平移速度 
            Angular     # 去除质心平移和旋转速度
            Linear-acceleration-correction   # 移除质心平移速度。在线性加速度超过nstcomm步数时修正质心位置
            None   # 对质心运动不加限制
nstcomm = 100   # 多少步移除一次质心运动
comm-grps =     # 设置消除质心移动的组，默认为整个系统

# Enerzy minimization 
emtol = 10      # default 10 kj mol-1 nm-1 当最大力小于emtol ，最小化收敛
emstep = 0.01   # default 0.01 nm 初始步长
nstcgsteep = 1000  # default 1000 执行多少步共轭梯度最小化后执行一次最速下降法

# Output control 
nstxout = 0  # default 0 多少步写一次坐标到轨迹文件trr 。0表示坐标不写入轨迹文件
nstvout = 0  # default 0 多少步写一次速度到轨迹文件trr 。0表示速度不写入轨迹文件
nstfout = 0  # default 0 多少步写一次力到轨迹文件trr 。0表示力不写入轨迹文件
nstlog=1000 # default 1000
energygrps   =     # 将哪个组的短程非键势能写入能量文件(不支持GPUs)

# Neighbor 
cutoff-scheme = Verlet   # 生成缓冲区列表，缓冲区大小基于verlet-buffer-tolerance自动设置
nstlist = 10   # >0 多少步更新一次邻域。对于GPU计算，20-40可以释放最佳性能
pbc = xyz   # 在所有方向上使用周期性边界条件
      no    # 不使用周期性边界条件
      xy    # 只在xy方向上使用周期性边界条件
periodic-molecules = no   # 分子是有限的，使用快速分子周期性边界条件
                   = yes  # 对于分子通过周期性边界条件与自身耦合的系统，这需要较慢的 PBC 算法，并且分子在输出中不是完整的

# Electrostatics
coulombtype   = PME  # Cut-off Ewald P3M-AD 
rcoulomb      = 1    # nm 库伦截止距离

# Vdw 
vdwtype    = Cut-off
             PME
             Shift
             Switch
             User
rvdw         = 1 # nm LJ和buckingham截短距离
DispCorr     = EnerPres # 对能量和压力应用远程色散较正
             = no  # 不使用校正
             = Ener  # 只对能量使用长程色散校正

# Temperature coupling
tcoupl   = no 
         = berendsens
         = nose-hoover
         = andersen
         = andersen-massive
         = v-rescale
nsttcouple =  10  # 多少部耦合一次温度
tau_t   = 0.2    # ps
tc_grps = water non-water  # 单独耦合温度的组
ref_t   = 298.15 # 耦合的参考温度

# Pressure coupling
Pcoupl     = Berendsen
           = no
           = C-rescale
           = Parrinello-Rahman
           = MTTK
pcoupltype = isotropic
tau_p      = 0.5 ; [ps]
ref_p      = 1.0 ; [bar]
compressibility = 4.5e-5 ; [bar^-1]

# Simulated annealing 
annealing = single periodic ; no, single, periodic
annealing_npoints = 2 2 
annealing_time = 0 100 0 100 ;ps
annealing_temp = 0 298.15 0 298.15

# Velocity generation 
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15 ; [K]
gen_seed = -1

# Bond 
constraints = none   # 控制topol中哪些键转换为完整的刚性约束。Note典型的刚性水模型没有键，而是使用一个专门的{settles}指令
            = h-bonds
            = all-bonds
            = h-angles
            = all-angles
constraints-algorithm = LINCS  # 选择求解器进行完整的约束
                      = SHAKE  
shake-tol   =  0.0001  # SHAKE算法的容忍度