gmxhelper vscode插件开发

Gmxhelper插件适用于gromacs进行分子动力学模拟时的文件。
用于高亮语法和自动提示代码。

一年前开始学code插件开发,磨磨蹭蹭了一年,终于把用于gmx文件的vscode插件框架搭了起来,其使用方法和功能介绍见下文。

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前排挖坑:
- 自动折叠topol文件中的参数段,方便topol文件的操作
- 优化高亮配色(没有美学细菌的我对于目前的高亮颜色尽力了!)
- 完善语法高亮范围,修复部分语法高亮冲突导致的失效行为
- 自动格式化相关文件代码,防止md出错

安装

在vscode插件市场搜索gmxhelper即可找到此款插件。

功能介绍

1. 调用方式 在打开特定扩展名的文件时,插件会自动调用。 目前支持的文件包括:

  • .pdb
  • .gro
  • .mdp
  • .itp
  • .top
  • .xvg
  • .ndx

2. 语法高亮 语法高亮的主题色为暗蓝色。 对于不同的氨基酸,为其设置了不同的颜色。 原子类型和原子名均拥有其特定的颜色设定。 注释采用暗绿色设定。 对于配体,非标准残基设定亮绿色为其高亮色。 具体设定详见效果图。

top文件中的参数段设定指定颜色。

mdp文件中,对于常用的参数设定了语法高亮,一些不常用参数和错误参数采用白色显示,用于提示。

3. mdp文件自动提示

对于一些常见的参数,只需要输入parameter=即可自动跳出可选value。 如果不想自己编写mdp文件,程序还设置了一些常用的mdp模板,只需稍加修改即可使用

4. mdp模板

​ 如下图所示,只需要键入特定关键词回车即可生成mdp模板。通过修改步长等参数即可使用。

命令 适用范围
protein in water gmx官方mdp模板
protein-em 蛋白体系能量最小化
protein-md 蛋白体系分子动力学
protein-pr 蛋白体系限制性分子动力学
protein-lig-em 蛋白-配体体系能量最小化
protein-lig-md 蛋白-配体体系分子动力学
protein-lig-pr 蛋白-配体体系限制性分子动力学
membrane 膜体系平衡
membrane-md 膜体系分子动力学
DNA-em DNA体系能量最小化
DNA-md DNA体系分子动力学
DNA-pr DNA体系限制性分子动力学
md_heat_NPT NPT系综加热到指定温度
md_NPT NPT系综分子动力学模拟
md_nopbc 非周期性模拟