CASEA的奇思妙想

Amber伞状采样限制设置

发表于 分类于
本文字数： 1.2k 阅读时长 ≈ 1 分钟

Amber 伞状采样集合变量(CVs)限制设置

Amber 开启限制

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
Umbrella Sampling input file
&cntrl
	ntx=5,irest=1,
	ntpr=1000,ntwr=10000,
	ntwx=1000,ioutfm=1,
	dt=0.002,nstlim=100000,
	ntt=3,gamma_ln=5.0
	ntb=0,igb=5,
	nmropt=1,
	/
	&wt
		type="DUMPFREQ",istep1=50,
	/
	&wt 
	type="END"
	/
	DISANG=dist.rst
	DUMPAVE=dist.dat

nmropt=1 设置开启限制
type="DUMPFREQ",istep1=50 多少步输出集合变量值
DISANG 设置限制条件
DUMPAVE 输出集合变量文件路径

距离限制

1
2
3
4
5
6
# DISANG=dist.rst
&rst
	iat=10,15,
	r1=0,r2=5,r3=5,r4=20,
	rk2=50.0,rk3=50.0,
/

在原子10和15之间设置距离限制，距离允许在0-20A之间波动，但被力常数限制在5A附近。

角度限制

1
2
3
4
5
6
# DISANG=dist.rst
&rst
	iat=10,15,20，
	r1=0,r2=108,r3=108,r4=180,
	rk2=50.0,rk3=50.0,
/

对原子10，15和20形成的键角设置角度限制，角度允许在0-180°之间波动，但被力常数限制在108°附近。注意角度单位。 力常数单位为kcal/mol rad2。rk为力常数值。

二面角限制

1
2
3
4
5
6
# DISANG=dist.rst
&rst
	iat=10,15,20,25,
	r1=0,r2=108,r3=108,r4=360,
	rk2=50.0,rk3=50.0,
/

对原子10，15，20和25形成的二面角设置角度限制，角度允许在0-360°之间波动，但被力常数限制在108°附近。注意角度单位。 力常数单位为kcal/mol rad2。rk为力常数值。

原子组距离限制

1
2
3
4
5
6
7
8
# DISANG=dist.rst
&rst
	iat=-1,-1,
	igr1=8,9,10,11,12,
	igr2=20,21,22,23,
	r1=0,r2=5,r3=5,r4=20,
	rk2=50.0,rk3=50.0,
/

定义两组之间的距离限制，当iat设置值为复数，amber将从原子组中读取原子。此文件定义了原子组8，9，10，11，12的几何中心和原子组20，21，22，23的几何中心之间的距离。
Note:
sander 可以使用四组原子 igr1-igr4
pmemd 之可以使用两组 igr1-igr2