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| Minimisation of system
&cntrl
!Minimisation
imin=1, ! perform an energy minimization
maxcyc=4000, ! 最小化执行步数 (default 1)
ncyc=2000, ! 2000步最速下降法后使用共轭梯度法 (default 10)
ntmin=1, ! (default)先进行最速下降在进行共轭梯度。
! (0)共轭梯度(2)最速下降(3)使用XMIN(4)使用LMOD
dx0=0.01, ! (default)初始步长
drms=1.0E-4, ! (default) 当梯度笛卡尔元素的均方根小于DRMS时，最小化将停止
nmropt=0, ! (default)不进行nmr分析
!MD
nstlim=1, ! (default)MD步数
nscm=1000, ! (default)间隔1000步质心移除一次平动转动
t=0.0, ! (default)md初始时刻
dt=0.001, ! (default)时间步长 (0.002 SHAKE)
!TEMP
ntt=3, ! (0)能量恒定(1)恒定温度(2)Andersen温度耦合
! (3)Langevin恒温器(gamma_ln)
! (9)Optimized Isokinetic Nose-Hoover chain ensemble
! (10)Stochastic Isokinetic Nose-Hoover RESPA integrator
gamma_ln=2.0, ! 碰撞更新频率ps-1 (50)液态水(2-5)采样/积分稳定性(0.01)隐式水
temp0=300, ! (default)系统温度
temp0les=-1, ! (default)LES粒子目标温度
tempi=0.0, ! (default)初始和终态温度
tautp=1.0, ! (default)时间常数ps
ig=-1, ! (default)随机种子
vrand=1000, ! (ntt=2)每1000步随机化速度
vlimit=20, ! (default)速度大于20都会被减小
!Press
ntp=0, ! (default)无压力放缩(1)压力各向同性md
! (2)压力各向异性、八面体使用(3)压力半各向同性
barostat=1, ! (default)Berendsen (2)Monte carlo
mcbarint=100, ! (default)(barostat=2)Monte carlo barostat方法体积变化尝试步数
pres0=1.0, ! (default)参考温度 barostat
comp=44.6, ! (default)系统可压缩性 单位 1.0x10-6 bar-1.对于水为44.6
taup=1.0, ! (default)压力弛豫时间ps （1.0-5.0）
!SHAKE
ntc=1, ! (default)不使用shake(2)限制氢键(3)限制所有键
ntf=1, ! (default)计算所有相互作用(2 ntc=2)忽略氢键作用
! (3 ntc=3)忽略所有相互作用(4)忽略含氢键角和键长(5)忽略键长键角
! (6)忽略含氢二面角键长键角(7)忽略键长键角二面角
! (8)忽略键长键角二面角非键相互作用
ntb=0, ! 非周期性关闭PME (1)恒体积(2)恒压
cut=8.0, ! (default)非键截断 (igb>0 9999.0)(igb==0 8.0)
tol=0.00001, ! (default)坐标容忍度
noshakemask= ！ 定义不被shake的原子
ifqnt=0, ! (default)(1)QMMM计算 &qmmm
igb=0, ! (default)(1)using the generalized Born or
! Poisson-Boltzmann implicit solvent models
ntx=1, ! (default) 读取坐标不含速度 (=5)同时读取速度和坐标
irest=0, ! (default) 不重启模拟 (=1) 使用-c 指定的重启文件读取坐标和速度
ntxo=2, ! (default) 重启文件输出格式NetCDF (=1) ASCII
ntpr=50, ! (default) 每50步输出能量信息到mdout
ntwr=nstlim, ! (default) md结束之后输出重启文件 (<0)每多少步输出一次备份
ntwx=0, ! (default) 每多少步输出一次坐标
ntwv=0, ! (default) 每多少步输出一次速度到mdvel (=-1)速度输出到轨迹文件mdcrd中
ntwf=0, ! (default) 每多少步输出一次力到mdfrc (=-1)力输出到轨迹文件mdcrd中
ntwe=0, ! (default) 每多少步输出能量和温度到mden文件。
ioutfm=1, ! (default) 坐标速度文件格式 NetCDF (=0) ASCII
iwrap=0, ! (default) (=1)消除周期性坐标约束在初始盒子内
ntwprt=0, ! (default) 轨迹中写入系统所有原子 (>0) 轨迹只包含原子1-ntwprt的原子
ntave=0, ! (default) 每0步计算步数内的平均能量和浮动(用于查看收敛)
ntr=0, ! (default) (>0) restraintmask选取原子被限制。restraint_wt定义力常数
restraint_wt= ! kcal/mol/A2 位置限制势
restraintmask= ! 定义限制原子 (ntr=1)
ibelly=0, ! (default) (=1)bellymask选取原子允许移动，其余冻结
bellymask= ! 定义移动原子(ibelly=1)
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