CASEA的奇思妙想

Amber Distance Angle Dihedral

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Amber 使用cpptraj 分析轨迹之距离、角度、二面角计算

Example

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parm xxx.parm7
trajin xxx.crd
# 计算原子1，2，3形成的键角
angle ang @1 @2 @3 out angle.dat
# 计算原子4672和4682之间的距离
distance dist @4672 @4682 out dist.dat
# 计算原子1 2 3 4 形成的二面角
dihedral dihe @1 @2 @3 @4 out dihe.dat
run
quit

Distance

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distance [<name>] <mask1> <mask2> 
         [out <filename>] [geom] [noimage] [type noe]
  • [<name>]: 数据集名
  • <maskX>: 原子选择语句
  • [out <filename>]: 输出文件名
  • [geom]: 使用原子几何中心(默认使用质心)
  • [noimage]: 不跨越周期性边界计算距离
  • [type noe]: ？Mark distance as ’noe’ for use with statistics analysis.
  • [bound <lower> bound <upper>]: NOE的上下限；必须同时指定
  • [rexp <expected>]: NOE预期值(A)；默认$\frac{+}{2}$
  • [noe_strong]: 将上下限设为1.8和2.9A
  • [noe_medium]: 将上下限设为2.9和3.5A
  • [noe_weak]: 将上下限设为3.5和5.0A

Angle

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angle [<dataset name>] <mask1> <mask2> <mask3> 
      [out <filename>] [mass]
  • [<dataset name>]: 数据集名称
  • <maskX>: 原子选择语句
  • [out <filename>]: 输出文件名
  • [mass]: 使用质心而不是几何中心

Dihedral

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dihedral [<name>] <mask1> <mask2> <mask3> <mask4>
         [out <filename>] [mass] 
         [type {alpha|beta|gamma|delta|epsilon|zeta|chi|c2p|
         h1p|phi|psi|omega|pchi}]
         [range360]
  • [<name>]: 数据集
  • <maskX>: 原子选择语法
  • [out <filename>]: 输出文件名
  • [mass]: 使用质心(默认几何中心)
  • [range360]: 二面角范围0-360°(默认: -180 to 180)
  • [type {<type>}]: 标记二面角用于统计分析(Notice: chi for 核酸chi ；pchi for 蛋白值chi)