CASEA的奇思妙想

Amber RMSD RMSF

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Amber 使用cpptraj 分析轨迹之RMSD及RMSF计算

Example

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# cpptraj.in
parm xxx.parm7
trajin xxx.crd
# 使用第一帧作为参考，计算骨架CA原子的RMSD
rmsd CA @CA @CA out CA.dat norotate first
# 计算蛋白质的RMSD(不含氢)
rmsd BB :1-311&!(@H=) out BB.dat first
# 计算配体311的RMSD不含H
rmsd LIG :311&!(@H=) out LIG.dat first
# 计算体系所有残基的RMSF
atomicfluct out rmsf.dat byres bfactor
run
quit

RMSD

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rmsd [<name>] <mask> [<refmask>] [out filename] 
		 [nofit | norotate | nomod] [mass] [savematrices]
		 [first | reference | ref <name> | refindex <#> | 
		  previous | reftraj <name> [parm <name> | parmindex <#>]]
		 [perres perresout <filename>] [perresavg <avgfile>] 
		 [range <resRange>] [refrange <refRange>]
		 [perresmask <additional mask>] [perrescenter]    
		 [perresinvert]
  • [<name>]: 输出数据集名称
  • [<mask>]: 用于计算RMSD的原子集；未指定则计算所有原子
  • [<refmask]: 参考原子集；未指定则使用<mask>
  • [out filename]: 输出文件名
  • [nofit | norotate | nomod]: [不执行best-fit | best-fit 平移但不旋转坐标 | 不修改坐标]
  • [mass]: 使用质量权重
  • [savematrices]: 保存旋转矩阵

Reference keywords

  • first: 使用第一帧轨迹作为参考
  • reference: 参考结构中先前读取的
  • ref <name>: Use previously read in reference structure specified by filename/tag.
  • refindex <#>: Use previously read in reference structure specified by <#>
  • previous: 使用前一帧
  • reftraj <name>: 将轨迹与name中的每一帧对应计算RMSD
  • parm <parmname> | parmindex <#>: 指定与reftraj对应的topol

Per-residue RMSD keywords

  • perres: 每个残基 no-fit RMSD
  • perresout <perresfile>: 输出每个残基的RMSD
  • perresavg <avgfile>: 输出每个残基的平均RMSD
  • range <res range>: 计算range内每个残基的RMSD
  • refrange <ref range>: 计算参考残基range内每个残基的RMSD
  • perresmask <additional mask>
  • perrescenter: 残基移动到质心
  • perresinvert: x坐标轴单位为残基数而不是帧数

Data Sets Created

  • <name>: 计算RMSD
  • <name>[RM]: (savematrices only) 参考目标的旋转矩阵
  • <name>[res]: (perres only) 每个残基的RMSD；index为残基号
  • <name>[Avg]: (perres only) 每个残基的平均RMSD
  • <name>[Stdev]: (perres only) 每个残基的RMSD标准偏差

RMSF

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atomicfluct [out <filename] [<mask>] 
            [byres | byatom | bymask] 
            [bfactor] [calcadp [adpout <file>]] 
            [start <start>] [stop <stop>] [offset <offset>]
  • out <filename> 输出文件
  • [<mask>] 计算RMSF的原子(default all)
  • byres 输出质量权重的残基平均浮动
  • bymask 输出质量权重的mask指定原子的平均浮动
  • byatom 输出原子浮动(default)
  • [bfactor] 计算原子位置波动均方并赋予权重$\frac{8\pi^2}{3}$,不等价结晶学B因子计算
  • [calcadp [adpout <file>]] 计算各向异性位移参数并输出到文件
  • [<start>] 开始帧(default 1).
  • [<stop>] 结束帧(default last).
  • [<offset>] 帧间隔(default 1).